Ganzgenomsequenzierung bei lebensmittelbedingten Ausbrüchen verpflichtend
Ab dem 23. August 2026 müssen die EU-Staaten die Genome von Isolaten fünf lebensmittelbedingter Erreger sequenzieren. Für die Mikrobiologie wird die Sequenzierung zur Standardmethode, nicht mehr die Serotypisierung.
- Ab dem 23. August 2026 ist die Ganzgenomsequenzierung keine Ergänzung zur Serotypisierung mehr, sondern Pflicht.
- Erfasst sind fünf Erreger: Salmonella, Listeria monocytogenes, Escherichia coli sowie Campylobacter jejuni und coli.
- Gemeldet werden Isolate vom Menschen sowie aus Lebensmitteln, Futtermitteln und von Tieren; die Daten gehen an das gemeinsame System von EFSA und ECDC.
- Das Genom entscheidet, ob der Stamm aus der Probe und der Stamm des Erkrankten derselbe Klon sind; der Serotyp nennt nur die große Gruppe.
- Das Labor braucht Zugang zu einem Sequenzierer, Personal zur Beurteilung der Lesequalität und akkreditierungsfähige Verfahren. Stämme sind für ein erneutes Auslesen aufzubewahren.
- Produktionsbetriebe spüren die Änderung mittelbar: Der Vergleich eines Stammes aus der Produktionsumgebung mit einem Patientenisolat wird zur Routine.
Quelle: EFSA