Sekwencjonowanie genomu obowiązkowe przy dochodzeniach w zatruciach pokarmowych
Od 23 sierpnia 2026 kraje Unii mają obowiązek sekwencjonować genomy izolatów pięciu patogenów przenoszonych przez żywność. Dla mikrobiologii metodą podstawową staje się sekwencjonowanie, nie serotypizacja.
- Od 23 sierpnia 2026 sekwencjonowanie całego genomu przestaje być uzupełnieniem serotypizacji i staje się obowiązkiem.
- Obejmuje pięć patogenów: Salmonella, Listeria monocytogenes, Escherichia coli oraz Campylobacter jejuni i coli.
- Zgłasza się izolaty od ludzi oraz z żywności, pasz i zwierząt, a odczyty trafiają do wspólnego systemu EFSA i ECDC.
- Genom rozstrzyga, czy szczep z próbki i szczep od chorego to ten sam klon; serotyp wskazuje tylko dużą grupę.
- Laboratorium potrzebuje dostępu do sekwenatora, ludzi oceniających jakość odczytu i procedur gotowych do zakresu akredytacji. Szczepy trzeba zachować na wypadek ponownego odczytu.
- Zakłady produkcyjne odczują zmianę pośrednio: porównanie szczepu ze środowiska produkcji z izolatem od chorego staje się rutyną.
Źródło: EFSA